Ekşi Höyük Arkeolojik Kazı Projesi, Yukarı Menderes Havzası’nın tarihöncesi dönemlerdeki yerleşim düzenini ortaya çıkarmak amacıyla gerçekleştirilen sistematik yüzey araştırmalarının sonuçları temel alınarak başlatılan bir araştırmadır. 2015 Yılında Denizli Müzesi Başkanlığı’nda başlatılan kazılar, 2020 yılından bu yana Cumhurbaşkanlığı kararı ile Kültür ve Turizm Bakanlığı ve Ege Üniversitesi adına Doç. Dr. Fulya DEDEOĞLU tarafından yürütülmektedir. Proje kapsamında havzanın Neolitikleşme sürecine ilişkin stratigrafik dizilimine yönelik bilgi elde edinilmesinin yanı sıra yerleşimi oluşturan toplulukların örgütlenme biçimine ve bu örgütlenme biçimine bağlı olarak geliştirdikleri geçim stratejileri ve alan kullanımına yönelik veri edinilmesi amaçlanmaktadır. Zira yerleşimin kültür depozitinin büyük bölümünün neredeyse kesintisiz biçimde takip edilebilen Neolitik Dönem tabaklarından oluşması, arkeolojik kalıntıların geniş alanda ve bütüncül olarak değerlendirilmesinin yanı sıra Neolitik Dönemin kendi içindeki değişim ve dönüşüm süreçlerinin anlaşılmasına imkân tanımaktadır. Höyüğün halihazırda tespit edilebilen en erken tabakası günümüzden 8750 yıl öncesine tarihlenmektedir. Takip eden tabakalardaki bulgular tepe üzerinde iskânın belirgin bir kesinti olmadan, yaklaşık 1000 yıl boyunca sürmüş olabileceğini göstermektedir. Ekşi Höyük’te ortaya çıkartılan mimari tabakalar bölgenin ilk yerleşik topluluklarının maddi kültür öğelerinin belirlenmesinin yanı sıra çevre bölgeler ile olan ilişkilerin de kurgulanması bakımından kayda değer bilgiler üretmektedir.   Avcı toplayıcı yaşamdan yerleşik yaşama geçen en erken topluluklardan olan Ekşi Höyük toplulukları yalnızca Denizli’nin değil Batı Anadolu’nun insanlık tarihsel sürecine ilişkin son derece önemli veriler sunmaktadır. Ekşi Höyük verileri, bugün tekstil kenti olan Denizli’nin dokumacılığa ilişkin köklerinin ve edindiği bilgi birikiminin 8200 yıl önceye dayandığını göstermiştir. Benzer şekilde inanç sistemleri, tarım ve hayvancılık faaliyetleri ile ilk evcilleştirme süreçlerine ilişkin de çok önemli veriler sunmuştur. Bu verilere ilave olarak yerleşimin en geç kültür tabakasını oluşturan mezarlık alanı, MÖ 10-11 yüzyıla tarihlenmekte olup Bölgenin Türkleşme sürecine ilişkin şimdilik en erken kanıtları elde etmemizi sağlamaktadır. Söz konusu iskeletlerden elde edilen veriler, dönemin hastalıkları ve demografik yapısına ilişkin de önemli veriler barındırmaktadır.